預包裝SnpEff注釋管道

重要的

這個文檔已經退休了,可能不會被更新。產品、服務或技術中提到的這些內容不再支持。

磚基因組學的運行時已被棄用。開源的等價物,看到回購genomics-pipelines發光。生物信息學庫是運行時的一部分被釋放集裝箱碼頭工人,可從ProjectGlow Dockerhub頁麵。

關於磚運行時棄用策略的更多信息和時間表,看看所有支持的磚運行時版本

設置

運行SnpEff(v4.3)磚的工作。

參考基因組

您必須配置參考基因組使用環境變量。使用GRCh37,設置環境變量:

refGenomeId=grch37

使用GRCh38相反,設置環境變量:

refGenomeId=grch38

參數

管道接受一個參數,控製其行為的數量。最重要和常見的改變參數記錄;其他SnpEff注釋可以在管道筆記本。導入筆記本之後,它作為一個工作任務,您可以設置這些參數所有運行每次運行

參數

默認的

描述

inputVariants

n /一個

路徑的輸入變量(VCF或三角洲湖)。

輸出

n /一個

管道輸出應該寫的路徑。

exportVCF

如果這是真的,管道導致VCF以及三角洲湖寫道。

exportVCFAsSingleFile

如果這是真的,出口VCF作為單個文件

輸出

帶注釋的變體寫入增量表內所提供的輸出目錄。如果你配置VCF管道出口,他們會出現在輸出目錄。

輸出| - - - - - -注釋| - - - - - -δ文件| - - - - - -注釋vcf