renv在磚

安裝renv

你可以安裝renv作為一個集群級圖書館或作為一個notebook-scoped圖書館。安裝renvnotebook-scoped庫,使用:

需要(devtools)install_version(包=“renv”,回購=“http://cran.us.r-project.org”)

磚建議使用一個凹口快照庫修複包版本。

初始化renv會話與預裝R庫

當使用的第一步renv初始化會話使用嗎renv: init ()。集libPaths改變默認的下載位置是你的R notebook-scoped庫路徑。

renv::初始化(設置=列表(external.libraries=.libPaths())).libPaths(c(.libPaths()(2),.libPaths())

使用renv安裝額外的包

您現在可以使用renvR的API來安裝和刪除包。例如,安裝最新版本的消化運行以下的筆記本電池。

renv::安裝(“消化”)

安裝一個舊版本的消化運行以下的筆記本電池。

renv::安裝(“digest@0.6.18”)

安裝消化從GitHub,運行以下的筆記本電池。

renv::安裝(“eddelbuettel /消化”)

從Bioconductor安裝包,運行以下筆記本電池的內部。

#(注:需要BiocManager包)renv::安裝(“bioc:: Biobase”)

請注意,renv:安裝API使用renv緩存。

使用renv保存您的R筆記本的DBFS環境

運行以下命令在拯救環境。

renv::設置美元snapshot.type(“所有”)

這集renv安裝到快照所有包libPaths,而不隻是那些目前正在使用的筆記本。看到renv文檔為更多的信息。

現在,您可以運行下麵的筆記本電池內部保存環境的當前狀態。

renv::快照(lockfile=“/ dbfs /路徑/ / /你/想要/ /保存/ renv.lock”,力=真正的)

這個更新lockfile通過捕獲上安裝的所有包libPaths。還你的移動lockfile從本地文件係統DBFS,它依然存在,即使你的集群終止或重新啟動。

重新安裝一個renv環境了lockfile從DBFS

首先,確保你的新集群運行一個完全相同的磚作為你第一個創造了運行時版本renv環境。這確保了預裝R包是相同的。你可以找到這些在每個運行時的列表發布說明。在你安裝renv運行以下的筆記本電池。

renv::初始化(設置=列表(external.libraries=.libPaths())).libPaths(c(.libPaths()(2),.libPaths()))renv::恢複(lockfile=“/ dbfs /路徑/ / /你/保存/ renv.lock”,排除=c(“Rserve”,“SparkR”))

這張你lockfile從DBFS到本地文件係統,然後恢複任何包中指定lockfile。