磚6.4運行時的基因組學(不支持)

磚在2020年2月發布了這張照片。

磚基因(磚運行時的基因組學)是運行時的一個變體磚運行時的6.4(不支持)針對處理基因組和生物醫學數據進行了優化。它是一個組件的磚統一為基因組學分析平台。Beplay体育安卓版本

重要的

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磚基因組學的運行時已被棄用。開源的等價物,看到回購genomics-pipelines發光。生物信息學庫是運行時的一部分被釋放集裝箱碼頭工人,可從ProjectGlow Dockerhub頁麵。

關於磚運行時棄用策略的更多信息和時間表,看看所有支持的磚運行時版本

更多信息,包括指令創建磚基因集群,運行時看到的基因組學導遊。關於開發基因組學應用程序的更多信息,請參閱基因組學導遊

新功能

磚6.4運行時的基因組學是建立在磚6.4運行時。有什麼新信息的磚6.4運行時,看到的磚運行時的6.4(不支持)發行說明。

DNASeq管道定製

DNASeq基因組學在磚6.4運行時現在可以定製。管道的用戶現在可以選擇性地禁用任何合法組合讀對齊,變體的召喚,和變異注釋階段。用戶還可以執行單頭讀一致性。

Python和Scala api

的版本發光包含在磚6.4運行時的基因組包含Python和Scala api函數之前暴露隻能通過SQL表達式。這些函數可用於DataFrame操作,提供改進編譯時的安全。

改進

扁平的變異模式

DNASeq聯合基因分型管道輸出變體數據在一個扁平的模式三角洲湖。

改進的變異標準化者

的變體標準化者發光基因組學和磚運行時6.4約2.5倍的速度比基因組學的磚運行時的6.3版本。新的標準化者可以調用變壓器以及SQL函數,保留了原始模式,並提供改進的容錯。

以下庫包含在磚6.4運行時的基因不同於那些包含在磚6.4運行時。

圖書館

版本

亞當

0.28.0

Hadoop-bam

7.9.2

冰雹

0.2.26

GATK

4.0.11.0

samtools

1.9

VEP

96年